Những con ngựa Clydesdale lấy tên của nó từ Clydesdale, cái tên cũ của Lanarkshire, ghi nhận cho sông Clyde. Vào giữa thế kỷ 18, các gia đình Flemish đã được nhập khẩu vào Scotland và lai tạo cho những con ngựa địa phương, kết quả là những con ngựa lớn hơn các đàn ngựa địa phương hiện có. Chúng bao gồm một con ngựa đen không tên được nhập khẩu từ Anh bởi John Paterson của Lochlyloch và một con ngựa đực nâu đen vô danh thuộc sở hữu của Công tước Hamilton. Một con ngựa nổi bật khác là một con ngựa đua có chiều cao 16,1 tay (65 inch, 165 cm) của dòng dõi không rõ tên Blaze.

Những con ngựa này được lưu giữ trong số những con ngựa này bắt đầu từ đầu thế kỷ 19, vào năm 1806, một con ngựa nái có tên là "Lampits" sau tên trang trại của chủ sở hữu của nó đã được sinh ra đã bắt nguồn từ dòng dõi của chính nó. Con ngựa này được liệt kê trong tổ tiên của hầu hết các con ngựa Clydesdale sống cho đến ngày nay. Một trong những con của nó sinh ra là Black Horse của Thompson hay Hắc mã của Thôm-sơn (còn gọi là Glancer), là con ngựa giống có ảnh hưởng đáng kể đến giống Clydesdale.

Việc ghi lại gia phả bổn bang lần đầu tiên sử dụng tên "Clydesdale" dựa vào giống này là vào năm 1826 tại một cuộc triển lãm ở Glasgow. Một lý thuyết khác về nguồn gốc của chúng, đó là các con ngựa của Flemish đã truyền giống ở Scotland sớm nhất là vào thế kỷ 15, cũng được cho ra đời giống này vào cuối thế kỷ 18. Tuy nhiên, ngay cả tác giả của lý thuyết đó thừa nhận rằng câu chuyện phổ biến về tổ tiên của chúng có nhiều khả năng hơn.

Một hệ thống thuê ngựa gây giống giữa các huyện đã tồn tại ở Scotland, với hồ sơ ghi lại từ năm 1837. Chương trình này bao gồm các xã cải thiện nông nghiệp địa phương tổ chức các chương trình chọn giống để lựa chọn con ngựa tốt nhất, sau đó chủ sở hữu của nó đã được trao giải thưởng tiền mặt. Sau đó chủ sở hữu đã yêu cầu đổi lấy tiền, lấy củi trong khu vực được chỉ định, chăn nuôi cho các con ngựa địa phương này.

Thông qua hệ thống này và bằng cách mua, các con ngựa Clydesdale đã được gửi đi khắp Scotland vào miền bắc nước Anh. Thông qua việc lai tạo rộng rãi với những con ngựa địa phương, những con ngựa giống này đã lan truyền loại gen của giống Clydesdale trên khắp các khu vực nơi chúng được đặt chân đến, và đến năm 1840, những con ngựa kéo Scotland và Clydesdale là một và giống nhau (gần như đã hợp nhất giữa giống ngựa cải tiến này và ngựa địa phương).

Năm 1877, Hiệp hội ngựa Clydesdale của Scotland được thành lập, tiếp theo năm 1879 bởi Hiệp hội Clydesdale của Hoa Kỳ (sau này đổi tên thành Clydesdale Breeders of the USA), phục vụ cho những người đam mê giống Hoa Kỳ và Canada. Cuốn sách giáo khoa người Mỹ đầu tiên đã được xuất bản năm 1882 đã mô tả về giống ngựa này. Năm 1883, Hiệp hội ngựa Chọn Clydesdale sống ngắn được thành lập để cạnh tranh với Hiệp hội ngựa Clydesdale. Nó được bắt đầu bởi hai nhà lai tạo nhằm củng cố giống ngựa, người cũng chịu trách nhiệm phần lớn cho việc đưa dòng máu ngựa Shire vào Clydesdale.

Một số lượng lớn Clydesdales đã được xuất khẩu từ Scotland vào cuối những năm 19 và đầu thế kỷ 20, với 1.617 đầu ngựa rời khỏi đất nước vào năm 1911, tính riêng trong năm này. Từ năm 1884 đến năm 1945, giấy chứng nhận xuất khẩu được cấp cho 20.183 con ngựa. Những con ngựa này được xuất khẩu sang các nước khác trong Đế quốc Anh, cũng như Bắc Mỹ và Nam Mỹ, lục địa Châu Âu và Nga. Đây có thể coi là giai đoạn hoàng kim của giống ngựa này khi chúng được ưa chuộng có thể nói là trên toàn thế giới với nhiều đơn đặt hàng từ khắp nơi về nước Anh cho nhu cầu xuất khẩu của giống ngựa này.

Chiến tranh thế giới lần thứ nhất đã chứng kiến hàng ngàn con ngựa tham gia cuộc chiến tranh đầy đẫm máu này và sau khi con số chiến tranh sụt giảm khi các trang trại ngày càng trở nên cơ giới hóa. Sự suy giảm này tiếp tục giữa các cuộc chiến tranh. Sau Thế chiến thứ hai, số lượng gia đình nuôi Clydesdale ở Anh đã giảm từ hơn 200 năm 1946 xuống 80 năm 1949. Đến năm 1975, Tổ chức Rare Breeds Survival Trust cho rằng giống ngựa này có nguy cơ tuyệt chủng, có nghĩa là có ít hơn 900 con cái và ngựa đực giống ở Vương quốc Anh.

Nhiều con ngựa xuất khẩu từ Scotland vào thế kỷ 19 và 20 đã đến Úc và New Zealand. Năm 1918, Hiệp hội ngựa Clydesdale của Liên bang Anh được thành lập với tư cách là hiệp hội cho giống ngựa ở Úc. Trong khoảng từ năm 1906 đến năm 1936, những con ngựa Clydesdale được nuôi ở Úc rất nhiều giống ngựa kéo khác hầu như chưa được biết đến. Vào cuối những năm 1960, lưu ý rằng "Con ngựa Clydesdale xuất sắc được nuôi ở Victoria và New Zealand, nhưng, ít nhất là ở nơi cũ, được coi là nên theo kịp loại bằng cách nhập khẩu thường xuyên từ Anh quốc" Hơn 25.000 con ngựa Clydesdale đã được đăng ký tại Úc trong khoảng thời gian từ 1924 đến 2008. Sự phổ biến của giống ngựa Clydesdale đã dẫn tới nó được gọi là "giống ngựa được tạo ra ở Úc".

Vào những năm 90, sự nổi tiếng và số lượng của giống đã bắt đầu gia tăng. Vào năm 2005, tổ chức Rare Breeds Survival Trust đã chuyển giống này sang trạng thái "có nguy cơ", có nghĩa là có ít hơn 1.500 con ngựa nái ở Anh. Tuy nhiên, đến năm 2010, chúng đã bị đưa trở lại trạng thái dễ bị tổn thương. Các con ngựa Clydesdale được coi là ở trạng thái cần được theo dõi bởi Tổ chức bảo vệ giống vật nuôi ở Mỹ, có nghĩa là vào năm 2010 dưới 2.500 con ngựa được đăng ký hàng năm ở Mỹ và dưới 10.000 con trên toàn thế giới. Tính đến năm 2010, ước tính có khoảng 5.000 con Clydesdale trên toàn thế giới, với khoảng 4.000 đầu cá thể tại Hoa Kỳ và Canada, 800 con ở Anh và phần còn lại ở các nước khác, bao gồm Nga, Nhật, Đức và Nam Phi.